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并行64位vasp 5.2安装过程+ ifort +intel MKL+ openmpi

并行64位vasp 5.2安装过程+ ifort +intel MKL+ openmpi
并行64位vasp 5.2安装过程+ ifort +intel MKL+ openmpi

并行64位vasp 5.2安装过程+ ifort +intel MKL+ openmpi

前前后后折腾了半个月,总算把vasp安装到了自己的电脑里。很多内容是从网上百度到的,所以我认为有必要写个总结和大家分享。当然这一个月自己并没有全心投入到安装vasp上边,有空的时候就安装一下试试,没时间就把它扔一边去了。我在这里只讲一种安装方法,自己网上百度了很多安装教程,感觉方法越多对初学者看了越迷茫,不清楚该先干什么,好多安装教程写的顺利也很混乱。

新手的话,首先要补充些linux的基础知识,如果你打算用vasp做研究,估计都多少学了一点linux 了,什么是linux就不介绍了。

下面我以CentOS-6.5- x86-64在Intel(R)Core(TM)i3-2100 CPU@3.10GHz电脑上的安装为例(ThinkPadx200 900元在二手电脑市场淘的)。CentOS的安装过程和windows差不多,一路下一步(或Next)基本就ok了,在您要进行哪种类型的安装?你如果是第一次安装,是新硬盘的话可以选使用所有空间,并勾选下边的查看并修改分区布局,然后下一步,你可以看下大概的分区情况,在CentOS 的默认安装是基本服务器安装。如果对Linux不太熟的话,最好选择软件开发工作站(或Software Development Workstation),这样基本上把要用的软件都安装上了,然后再选上下边的现在自定义(或Customize now),再下一步,然后把所有能选上的软件都选上,再一路下一步。安装完以后,创建一个非root用户,比如创建一个phy用户,root和phy用户密码设的简单一些比较好,别一会儿你自己都忘了,当然将来你自己真正组建集群用于计算的时候再设置复杂一些,这样可以提高系统的安全性。

Linux下解压文件经常用的是:tar zxvf xxxx.tar.gz;(xxxx表示文件或文件夹名)创建一个文件夹用命令:mkdir xxxx;如果创建的是文件,比如创建openmpi.sh文件,就用命令:touch openmpi.sh;编辑文件用vi或vim命令;暗转rpm包一类的软件用如下的各式:

rpm -ivh libstdc++-4.4.7-4.el6.i686.rpm

更改文件或文件夹的读取权限,一般是root的权限最大,可以先切换到root下,用命令chmod 777 xxxx 更改;复制命令用cp;移动文件用mv;删除文件用rm –rf xxxx;这些命令都是网上百度的,如果不清楚怎么用或用什么命令可以百度一下你用做的事情,一般都会给出比较满意的答案。

安装好系统后,用root登录,有人建议用非root账户登录,这对初学者可能带来更多的问题,所以初学者最好自己找一台破电脑先折腾,装软件一般不会把电脑折腾坏的,除非你买的电脑有质量问题,那就不好说了。

现在/home下建一个安装软件的文件夹software:

cd home/

mkdir software

chmod 777 software

然后把从网上下载的vasp.5.2.12.tar.gz vasp.5.lib.tar.gz openmpi-1.8.tar.gz

parallel_studio_xe_2013_update2.tgz fftw-3.3.3.tar.gz intel.lic libstdc++-4.4.7-4.el6.i686.rpm都复制到software文件夹下边,这里的intel.lic是parallel_studio_xe_2013_update2.tgz的license,安装

parallel_studio_xe_2013_update2.tgz的时候会用到;libstdc++-4.4.7-4.el6.i686.rpm软件包在CentOS6.5安装盘里可以找到,网上百度也行,默认情况下这个是不安装的。parallel_studio_xe_2013_update2可以到百度网盘下载:https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,/s/1o6sPd8m 。刚试过,连接还可以用,你也可以去官网下载,官网下载免费的需要学校类的邮箱注册一下才可以下载。Intel 的Fortran、MKL、fftw都包含的这个软件包里边了。openmpi我也装了,好像用的是Intel提供的mpi;

vasp5.2.12和vasp.5.lib下载可以去小木虫下载,这些软件如果找不到,你可以给我发邮件,我有时间会发给你,不过我不太常上网,估计会比较慢些(binghe5945@https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,)。

一.先安装libstdc++-4.4.7-4.el6.i686.rpm

cd /home/softwarew

rpm -ivh libstdc++-4.4.7-4.el6.i686.rpm

二.安装inter fortran compiler 2013

1. cd /home/software

2. tar zxvf parallel_studio_xe_2013_update2.tgz

3. cd parallel_studio_xe_2013_update2

4. ./install.sh

5. 回车

6. view license, 一路空格,最后accept

7. Alternative activation, use a license file, provide the full path, 输入:/home/software/intel.lic(具体内容可能有出入)

8.选择Typical Install全部安装。

9.安装完成。

10.加入环境路径:cd ~ ;打开:vi .bashrc 在.basgrc文件最后插入

source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64

source /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/bin/mklvars.sh intel64

10. cd ~

11. source .bashrc (以后若出现make:找不到ifort命令、文件之类的,再source .bashrc一下就好了)

12. 验证:which ifort显示路径。

三.安装fftw

(奔腾4以上机子可以提速,具体请自行测试;这里提供安装方法,也可不用,vasp中已包含fft,安装的inter fortran compiler 2013里边也有fftw,但是好多安装教程里边都有一个把fftw3.f放到vasp.5.lib文件夹里编译vasp源文件,所以还是安装一下比较好,在inter fortran compiler 2013安装里边我也找到fftw3.f这个文件了,怕出错还没尝试)

1.cd /home/software

2.tar zxvf fftw-

3.3.3.tar.gz

3.cd fftw-3.3.3

4. ./configure --prefix=/home/software/fftw

5.make

6.make install

7.把fftw-3.3.3/api/fftw3.f拷贝到V ASP.5.2文件夹下

四.安装openmpi

1. cd /home/software

2. tar openmpi-1.8.tar.gz

3.cd ~

4.source .bashrc

5.cd /home/software/openmpi-1.8

4. ./configure --prefix=/home/software/openmpi1.8 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort

(若不加CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort ,则用gcc编译)

5.make

6.make install6.

7.在openmpi1.8目录下新建一个openmpi.sh ,内容如下,目录自改

export PATH=/home/software/openmpi1.8/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH: /home/software/openmpi1.8/lib:$LD_LIBRARY_PATH export MANPATH=/home/software/openmpi1.8/share/man:$MANPATH

8.然后在.bashrc最后插入source /home/software/openmpi1.8/openmpi.sh

9.cd ~

10.source .bashrc

11.which mpirun

应显示/home/software/openmpi1.8/bin/mpirun 之类

12. cd /home/software/openmpi-1.8/examples

make

mpirun -np 2 hello_c (2为双核)

应出现:

Hello, world, I am 0 of 2

Hello, world, I am 1 of 2

五.安装vasp 5.2

1.cd /home/software

2.tar zxvf vasp.5.lib.tar.gz

3.cd vasp.5.lib

4.把fftw/api/fftw3.f拷贝到V ASP.

5.2文件夹下

5.修改vasp.5.lib 下的makefile.linux_ifc_P4文件,FC=ifc改为FC=ifort

FFLAGS = -O0 -FI 改为FFLAGS = -O2 –FI

6.cd ~

7.source .bashrc

8. cp makefile.linux_ifc_P4 makefile

9. make(成功应生成libdmy.a)

10.修改5.2的makefile.linux_ifc_P4

在最上边添加mkl和fftw的绝对路径

MKLROOT=/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl

FFTWROOT=/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/include/fftw

(没有提到的可保持原样,同个位置的blas 和lapack注意注释掉其它的同类项)

FC=ifc 改为FC=ifort

OFLAG=-O3 改为OFLAG=-O3 -xhost -ip –funroll -loops

BLAS=$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_blas95_lp64.a

LAPACK=$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a

FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /home/txc/install/fftw-3.3.4/lib/libfftw3.a

FC=mpif77 改为FC=mpif90

去掉以下代码的#

FCL=$(FC)

CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \

-Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ 改为-DCACHE_SIZE=16000 -DPGF90 -Davoidalloc \

LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \

../vasp.5.lib/linpack_double.o \

$(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)

FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/software/ fftw/lib/libfftw3.a

cp makefile.linux_ifc_P4 makefile

make(成功应生成名为vasp 的可执行程序)

六.vasp5.2的makefile

MKLROOT=/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl

FFTWROOT=/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/include/fftw

#

.SUFFIXES: .inc .f .f90 .F

#----------------------------------------------------------------------- # Makefile for Intel Fortran compiler for Pentium/Athlon/Opteron

# bases systems

# we recommend this makefile for both Intel as well as AMD systems

# for AMD based systems appropriate BLAS and fftw libraries are

# however mandatory (whereas they are optional for Intel platforms)

#

# The makefile was tested only under Linux on Intel and AMD platforms

# the following compiler versions have been tested:

# - ifc.7.1 works stable somewhat slow but reliably

# - ifc.8.1 fails to compile the code properly

# - ifc.9.1 recommended (both for 32 and 64 bit)

# - ifc.10.1 partially recommended (both for 32 and 64 bit)

# tested build 20080312 Package ID: l_fc_p_10.1.015

# the gamma only mpi version can not be compiles

# using ifc.10.1

#

# it might be required to change some of library pathes, since

# LINUX installation vary a lot

# Hence check ***ALL*** options in this makefile very carefully

#----------------------------------------------------------------------- #

# BLAS must be installed on the machine

# there are several options:

# 1) very slow but works:

# retrieve the lapackage from https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,

# and compile the blas routines (BLAS/SRC directory)

# please use g77 or f77 for the compilation. When I tried to

# use pgf77 or pgf90 for BLAS, VASP hang up when calling

# ZHEEV (however this was with lapack 1.1 now I use lapack 2.0)

# 2) more desirable: get an optimized BLAS

#

# the two most reliable packages around are presently:

# 2a) Intels own optimised BLAS (PIII, P4, PD, PC2, Itanium)

# https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,/software/products/mkl/

# this is really excellent, if you use Intel CPU's

#

# 2b) probably fastest SSE2 (4 GFlops on P4, 2.53 GHz, 16 GFlops PD,

# around 30 GFlops on Quad core)

# Kazushige Goto's BLAS

# https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,/users/kgoto/signup_first.html

# https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,/resources/software/

#

#-----------------------------------------------------------------------

# all CPP processed fortran files have the extension .f90

SUFFIX=.f90

#-----------------------------------------------------------------------

# fortran compiler and linker

#-----------------------------------------------------------------------

FC=mpiifort -I${FFTWROOT}

# fortran linker

FCL=$(FC)

#-----------------------------------------------------------------------

# whereis CPP ?? (I need CPP, can't use gcc with proper options)

# that's the location of gcc for SUSE 5.3

#

# CPP_ = /usr/lib/gcc-lib/i486-linux/2.7.2/cpp -P -C

#

# that's probably the right line for some Red Hat distribution:

#

# CPP_ = /usr/lib/gcc-lib/i386-redhat-linux/2.7.2.3/cpp -P -C

#

# SUSE X.X, maybe some Red Hat distributions:

CPP_ = ./preprocess <$*.F |/usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)

#-----------------------------------------------------------------------

# possible options for CPP:

# NGXhalf charge density reduced in X direction

# wNGXhalf gamma point only reduced in X direction

# avoidalloc avoid ALLOCATE if possible

# PGF90 work around some for some PGF90 / IFC bugs

# CACHE_SIZE 1000 for PII,PIII, 5000 for Athlon, 8000-12000 P4, PD

# RPROMU_DGEMV use DGEMV instead of DGEMM in RPRO (depends on used BLAS) # RACCMU_DGEMV use DGEMV instead of DGEMM in RACC (depends on used BLAS) # tbdyn MD package of Tomas Bucko

#-----------------------------------------------------------------------

#CPP = $(CPP_) -DHOST=\"LinuxIFC\" \

-DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGXhalf \

# -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV

#----------------------------------------------------------------------- # general fortran flags (there must a trailing blank on this line)

# byterecl is strictly required for ifc, since otherwise

# the WAVECAR file becomes huge

#----------------------------------------------------------------------- FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl

#----------------------------------------------------------------------- # optimization

# we have tested whether higher optimisation improves performance

# -axK SSE1 optimization, but also generate code executable on all mach. # xK improves performance somewhat on XP, and a is required in order # to run the code on older Athlons as well

# -xW SSE2 optimization

# -axW SSE2 optimization, but also generate code executable on all mach. # -tpp6 P3 optimization

# -tpp7 P4 optimization

#-----------------------------------------------------------------------

# ifc.9.1, ifc.10.1 recommended

OFLAG=-O3 -ip -ftz -xHOST -axAVX

OFLAG_HIGH = $(OFLAG)

OBJ_HIGH =

OBJ_NOOPT =

DEBUG = -FR -O0

INLINE = $(OFLAG)

#----------------------------------------------------------------------- # the following lines specify the position of BLAS and LAPACK

# VASP works fastest with the libgoto library

# so that's what we recommend

#-----------------------------------------------------------------------

# mkl.10.0

# set -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV in the CPP lines

BLAS=$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_blas95_lp64.a

LAPACK=$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a

# even faster for VASP Kazushige Goto's BLAS

# https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,/users/kgoto/signup_first.html

# parallel goto version requires sometimes -libverbs

#BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto.so

# LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double

LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o

# use the mkl Intel lapack

#LAPACK= -lmkl_lapack

#-----------------------------------------------------------------------

LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \

../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \

$(BLAS)

# options for linking, nothing is required (usually)

LINK = -Wl,--start-group\

$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a\

$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_core.a\

$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_intel_thread.a\

-Wl,--end-group\

-lpthread -liomp5 -lmpi -lm

#-----------------------------------------------------------------------

# fft libraries:

# VASP.5.2 can use fftw.3.1.X (https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,)

# since this version is faster on P4 machines, we recommend to use it

#-----------------------------------------------------------------------

FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o

# alternatively: fftw.3.1.X is slighly faster and should be used if available #FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.1.2/lib/libfftw3.a

#=======================================================================

# MPI section, uncomment the following lines until

# general rules and compile lines

# presently we recommend OPENMPI, since it seems to offer better

# performance than lam or mpich

#

# !!! Please do not send me any queries on how to install MPI, I will

# certainly not answer them !!!!

#=======================================================================

#-----------------------------------------------------------------------

# fortran linker for mpi

#-----------------------------------------------------------------------

FC=mpif90

FCL=$(FC)

#-----------------------------------------------------------------------

# additional options for CPP in parallel version (see also above):

# NGZhalf charge density reduced in Z direction

# wNGZhalf gamma point only reduced in Z direction

# scaLAPACK use scaLAPACK (usually slower on 100 Mbit Net)

# avoidalloc avoid ALLOCATE if possible

# PGF90 work around some for some PGF90 / IFC bugs

# CACHE_SIZE 1000 for PII,PIII, 5000 for Athlon, 8000-12000 P4, PD

# RPROMU_DGEMV use DGEMV instead of DGEMM in RPRO (depends on used BLAS)

# RACCMU_DGEMV use DGEMV instead of DGEMM in RACC (depends on used BLAS)

# tbdyn MD package of Tomas Bucko

#-----------------------------------------------------------------------

#-----------------------------------------------------------------------

CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \

-Dkind8 -DCACHE_SIZE=16000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \

-DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV

#-----------------------------------------------------------------------

# location of SCALAPACK

# if you do not use SCALAPACK simply leave that section commented out

#-----------------------------------------------------------------------

#BLACS=$(HOME)/archives/SCALAPACK/BLACS/

#SCA_=$(HOME)/archives/SCALAPACK/SCALAPACK

#SCA= $(SCA_)/libscalapack.a \

# $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a

SCA=

#-----------------------------------------------------------------------

# libraries for mpi

#-----------------------------------------------------------------------

LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \

../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \

$(SCA) $(BLAS)

# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller

FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o

# alternatively: fftw.3.1.X is slighly faster and should be used if available

#FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.1.2/lib/libfftw3.a

#-----------------------------------------------------------------------

# general rules and compile lines

#-----------------------------------------------------------------------

BASIC= symmetry.o symlib.o lattlib.o random.o

SOURCE= base.o mpi.o smart_allocate.o xml.o \

constant.o jacobi.o main_mpi.o scala.o \

asa.o lattice.o poscar.o ini.o mgrid.o xclib.o vdw_nl.o xclib_grad.o \

radial.o pseudo.o gridq.o ebs.o \

mkpoints.o wave.o wave_mpi.o wave_high.o \

$(BASIC) nonl.o nonlr.o nonl_high.o dfast.o choleski2.o \

mix.o hamil.o xcgrad.o xcspin.o potex1.o potex2.o \

constrmag.o cl_shift.o relativistic.o LDApU.o \

paw_base.o metagga.o egrad.o pawsym.o pawfock.o pawlhf.o rhfatm.o paw.o \

mkpoints_full.o charge.o Lebedev-Laikov.o stockholder.o dipol.o pot.o \ dos.o elf.o tet.o tetweight.o hamil_rot.o \

steep.o chain.o dyna.o sphpro.o us.o core_rel.o \

aedens.o wavpre.o wavpre_noio.o broyden.o \

dynbr.o rmm-diis.o reader.o writer.o tutor.o xml_writer.o \

brent.o stufak.o fileio.o opergrid.o stepver.o \

chgloc.o fast_aug.o fock.o mkpoints_change.o sym_grad.o \

mymath.o internals.o dynconstr.o dimer_heyden.o dvvtrajectory.o vdwforcefield.o \ hamil_high.o nmr.o pead.o mlwf.o subrot.o subrot_scf.o \

force.o pwlhf.o gw_model.o optreal.o davidson.o david_inner.o \

electron.o rot.o electron_all.o shm.o pardens.o paircorrection.o \

optics.o constr_cell_relax.o stm.o finite_diff.o elpol.o \

hamil_lr.o rmm-diis_lr.o subrot_cluster.o subrot_lr.o \

lr_helper.o hamil_lrf.o elinear_response.o ilinear_response.o \

linear_optics.o linear_response.o \

setlocalpp.o wannier.o electron_OEP.o electron_lhf.o twoelectron4o.o \

ratpol.o screened_2e.o wave_cacher.o chi_base.o wpot.o local_field.o \

ump2.o bse_te.o bse.o acfdt.o chi.o sydmat.o dmft.o \

rmm-diis_mlr.o linear_response_NMR.o

vasp: $(SOURCE) $(FFT3D) $(INC) main.o

rm -f vasp

$(FCL) -o vasp main.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) $(LINK)

makeparam: $(SOURCE) $(FFT3D) makeparam.o main.F $(INC)

$(FCL) -o makeparam $(LINK) makeparam.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)

zgemmtest: zgemmtest.o base.o random.o $(INC)

$(FCL) -o zgemmtest $(LINK) zgemmtest.o random.o base.o $(LIB)

dgemmtest: dgemmtest.o base.o random.o $(INC)

$(FCL) -o dgemmtest $(LINK) dgemmtest.o random.o base.o $(LIB)

ffttest: base.o smart_allocate.o mpi.o mgrid.o random.o ffttest.o $(FFT3D) $(INC) $(FCL) -o ffttest $(LINK) ffttest.o mpi.o mgrid.o random.o smart_allocate.o base.o $(FFT3D) $(LIB)

kpoints: $(SOURCE) $(FFT3D) makekpoints.o main.F $(INC)

$(FCL) -o kpoints $(LINK) makekpoints.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)

clean:

-rm -f *.g *.f *.o *.L *.mod ; touch *.F

main.o: main$(SUFFIX)

$(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG) $(INCS) -c main$(SUFFIX)

xcgrad.o: xcgrad$(SUFFIX)

$(FC) $(FFLAGS) $(INLINE) $(INCS) -c xcgrad$(SUFFIX)

xcspin.o: xcspin$(SUFFIX)

$(FC) $(FFLAGS) $(INLINE) $(INCS) -c xcspin$(SUFFIX)

makeparam.o: makeparam$(SUFFIX)

$(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG) $(INCS) -c makeparam$(SUFFIX)

makeparam$(SUFFIX): makeparam.F main.F

#

# MIND: I do not have a full dependency list for the include

# and MODULES: here are only the minimal basic dependencies

# if one strucuture is changed then touch_dep must be called

# with the corresponding name of the structure

#

base.o: base.inc base.F

mgrid.o: mgrid.inc mgrid.F

constant.o: constant.inc constant.F

lattice.o: lattice.inc lattice.F

setex.o: setexm.inc setex.F

pseudo.o: pseudo.inc pseudo.F

poscar.o: poscar.inc poscar.F

mkpoints.o: mkpoints.inc mkpoints.F

wave.o: wave.F

nonl.o: nonl.inc nonl.F

nonlr.o: nonlr.inc nonlr.F

$(OBJ_HIGH):

$(CPP)

$(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG_HIGH) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

$(OBJ_NOOPT):

$(CPP)

$(FC) $(FFLAGS) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

fft3dlib_f77.o: fft3dlib_f77.F

$(CPP)

$(F77) $(FFLAGS_F77) -c $*$(SUFFIX)

.F.o:

$(CPP)

$(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

.F$(SUFFIX):

$(CPP)

$(SUFFIX).o:

$(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

# special rules

#----------------------------------------------------------------------- # these special rules are cummulative (that is once failed

# in one compiler version, stays in the list forever)

# -tpp5|6|7 P, PII-PIII, PIV

# -xW use SIMD (does not pay of on PII, since fft3d uses double prec)

# all other options do no affect the code performance since -O1 is used

fft3dlib.o : fft3dlib.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)

fft3dfurth.o : fft3dfurth.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

fftw3d.o : fftw3d.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave_high.o : wave_high.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

radial.o : radial.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

symlib.o : symlib.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

symmetry.o : symmetry.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave_mpi.o : wave_mpi.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave.o : wave.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

dynbr.o : dynbr.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

asa.o : asa.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

broyden.o : broyden.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)

us.o : us.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

LDApU.o : LDApU.F

$(CPP)

$(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)

vasp并行总结 安装

一、安装vasp前的软件要求: ①C++编译器用intel的(l_cprof_p_11.1.07) ②Fortran编译器用intel的ifort11(l_cprof_p_11.1.072) ③l_mpi_p_3.2.011 ④MKL 有非商业版本可以免费下载,本来要用l_mkl_p_10.2.5.035的,但发现ifort11里/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/mkl就有,这里免装,在.bashrc里把ifort11下mkl的路径包括进去。 附完整安装后的.bashrc source /home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh---ifort source /home/bjwang/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64/iccvars_intel64.sh ---c++ export LD_LIBRARY_PATH=/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/ifort/mkl/lib/em64t/:$LD_LIBRA RY_PATH ------ifort中包含的mkl source /home/bjwang/intel/impi/3.2.0.011/bin64/mpivars.sh --------l_mpi 请确认mpi、C++、Fortran编译器都已正确安装,并设定好相关的PATH路径和 LD_LIBRARY_PATH路径,具体参见新浪博客的其它相关内容。 示意如下:

vaspkit.014安装使用说明

vaspkit-0.14 修正版发布 安装下载指南 1、下载网址: https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,/downloads221/sourcecode/unix_linux/detail1038949.html (免费的) 2、利用xshell将软件包拷到系统中,建立文件夹vaspkit。 3、在gunzip vaspkit-0.14.tar.gz等到vaspkit-0.14.tar,再tar –xvf vaspkit-0.14.tar得到文件 夹vaspkit-0.14。 4、进入vaspkit-0.14文件夹,cat INSTALL,发现 Just do one thing: make Then you will get vaspkit program.然后退出,在vaspkit-0.14目录下输入make命令,得到vaspkit 可执行文件。 5、再将vaspkit文件分别拷到需要进行计算的文件下进行计算即可,输入./vasokit出现如下的运行页面。按照需要输入不同的数字即可。 相信很多人都为vasp计算结果的处理感到很头痛,网上虽然有很多处理vasp计算结果的软件或者脚本,不过要么只针对于某一个问题,要么使用不太友好。为此,我弄了一个软件包,把结构可视化,提取态密度,能带,电荷,自旋密度等数据等功能整合到一个软件包里,方便大家的使用。由于时间有限,我只花了两天时间做得,所以vaspkit工具包比较粗糙,而且有很多bug, 目前只实现最基本的功能。由于vaspkit 目前处于测试阶段,要不断的更新,所以不上传到论坛了。感兴趣的朋友可以到下载。希望大家能提出宝贵的意见以及需要增加的功能。同时,我们希望对vaspkit感兴趣的朋友一起加入并不断地增加功能,让vaspkit能成为一个很强大的数据处理工具。在此,特别感谢论坛版主csfn, foxhunter, 语过添情以及蓝等朋友的支持。 当前版本:0.14 . 1,修正若干bug; 2,增加输出xsf格式结构文件; 3,增加输出DOS积分; 4,增加提取指定原子指定轨道的能带数据. 主要功能有: 1,把POSCAR 或者CONTCAR转化为cif或xsf格式。 2,提取电荷,自旋密度,使用vesta软件可视化。 3,提取总,投影态密度数据; 4,提取总,投影能带数据。 期待增加功能: 1,增加计算差分电荷数据; 2,xsf格式电荷密度。 文件输出格式: 1,结构可视化文件输出文件为poscar.cif 或contcar.cif, 用MS, VESTA或其它可视化软件软件打开;2,总态密度输出文件为tdos.dat, 偏态密度文件为pdos.dat, 使用origin或gnuplot绘制。 3,能带数据输出文件名为band-x.dat . 同样使用origin或gnuplot绘制。 4,电荷和自旋密度输出文件名分别为chgden.dat 和spnden.dat, 用VESTA打开。注意同时把OUTCAR

vasp 安装心得

VASP5.2安装心得 2014-05-07 来源:小木虫作者: yysskk 花了五天时间终于学会怎么装VASP了,在此写下心得体会,供后人参考。个人觉得最难的一步就是makefile文件,网上流传着各种各样的版本,每个人都说自己编译成功了,却又各不相同,也说不清为什么,给新手极大的困扰。在此会详细介绍makefile的文件结构。其余大部分内容都是参考前人的,就不一一注明出处了。 一、系统、编译程序及准备工作 我用的是centos6.5+icc2011+ifort2011+openmpi1.6.5 1.1编译器安装 系统安装不说了,网上教程多得是。Icc和ifort可以申请免费非商业版本,icc和ifort都各自带了一个MKL,使用的时候别搞混了。装2011的时候会缺组件,用yum都可以免费下载。装编译器的时候会要求关闭selinux,按照给出的步骤关闭即可。之后会说系统不兼容,但是可以继续装,默认安装路径是在/opt下面。装完之后会有提示,把安装目录 /bin/ifortvars.sh 写到环境变量中,注意32/64位系统的参数不一样。C语言编译器建议用icc,毕竟是intel出品,针对自家cpu肯定有大量优化,效率上高于gcc是肯定的。这是装完之后的提示: For csh/tcsh: $ source install-dir/bin/compilervars.csh intel64 For bash: $ source install-dir/bin/compilervars.sh intel64 To invoke the installed compilers:

VASP安装说明(简单易懂)

VASP安装说明(简单易懂) 1.安装linux 由于不熟悉linux的操作,所以很多问题无法解决,所以直接在windows下面安装了虚拟机然后安装linux操作系统。 (1) 虚拟机的安装 我所使用的是VMware,安装过程同普通的windows下软件的安装。下载地址:www.https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,或者www.https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html, (2) VMware配置linux,过程如下: a)选择File菜单下的“New Virtual Machine”出现新虚拟机向导后单击“下一步” 选择“Typical”典型安装。 b)再单击“下一步”,在选择操作系统界面的“Guest Operation System”中选择 “Linux”,然后单击Version对应的下拉菜单选择具体的Linux版本,此处我选择的是“Red Hat Linux”。 c)单击“下一步”进入安装目录选择界面。该界面上面的文本框是系统的名字,保持默认值即 可,下面的文本框需要选择虚拟机操作系统的安装位置。 d)根据需要选择好后,单击“下一步”按钮,出现设置虚拟机内存大小的界面。Linux9.O对 内存的要求是:文本模式至少需要64MB;图形化模式至少需要

128MB,推荐使用192MB。我选 择的是192MB。 e)单击“下一步”按钮进入网络连接方式选择界面。VMware有四种网络设置方式,一般来说, Bridged方式使虚拟机就像网络内一台独立的计算机一样,最为方便好用(四种连网方式的区 别可参考VMware的有关资料)。此处我选择Brided方式。 f)单击“下一步”按钮进入虚拟磁盘的设置界面。这里有三种方式(Create a new virtual disk、Use an existing virtual disk、Use a physical disk)可供选 择、建议初学者选择“Create a new Virtual disk”,其含义是新建一个虚拟磁盘,该 虚拟磁盘只是主机下的一个独立文件。 g)在“下一步”中设置磁盘大小。在此、我们采用默认的4GB。 h)单击“下一步”进入文件存放路径选择界面。 在此界面可单击Browse按钮进行设置。此处我们使用默认值,单击“完成”按钮。 至此,完成一个虚拟机的配置。 (2) VMware下linux的安装 安装前需做好准备工作:购买一套Red Hat Linux 9.0的安装盘,共三张。或下载Red Hat Linux 9.0安装所需要的三个

VASP使用总结

VASP计算的理论及实践总结 一、赝势的选取 二、收敛测试 1、VASP测试截断能和K 点 2、MS测试 三、结构弛豫 四、VASP的使用流程(计算性质) 1、VASP的四个输入文件的设置 2、输出文件的查看及指令 3、计算单电能 (1) 测试截断能 (2) 测试K点 4、进行结构优化 5、计算弹性常数 6、一些常用指令

一、赝势的选取 VASP赝势库中分为:PP和PAW两种势,PP又分为SP(标准)和USPP(超软)。 交换关联函数分为:LDA(局域密度近似)和GGA(广义梯度近似)。GGA 又分为PW91和PBE。 在VASP中,其中pot ,pot-gga是属于超软势(使用较少)。Paw, paw-pbe ,和paw-gga是属于PAW。采用较多的是PAW-pbe 和PAW-gga。 此外vasp 中的赝势分为几种,包扩标准赝势(没有下标的)、还有硬(harder)赝势(_h)、软(softer)赝势(_s), 所谓的硬(难以赝化),就是指该元素原子的截断动能比较大,假想的势能与实际比较接近,计算得到的结果准确,但比较耗时,难以收敛。软(容易赝化),表示该元素原子的截断动能比较小,赝势模型比较粗糙,但相对简单,可以使计算很快收敛(比如VASP开发的超软赝势)。即硬的赝势精度高,但计算耗时。软的精度低,容易收敛,但节省计算时间。 另一种情况:如Gd_3,这是把f电子放入核内处理,对于Gd来说,f电子恰好半满。所以把f电子作为价电子处理的赝势还是蛮好的(类似还有Lu,全满)。(相对其他的4f元素来说,至于把f电子作为芯内处理,是以前对4f元素的通用做法。计算结果挺好) 常用的做法是:用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。在影响不大的情况下,选用不含4f电子的赝势(即后缀是3),一来减少计算量,二来避免DFT对4f电子的处理。 【1.赝势的选择: vasp的赝势文件放在目录~/vasp/potentials 下,可以看到该目录又包含五个子目录pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ,其中每一个子目录对应一种赝势形式。

CTI平台软件安装说明

CTI平台软件安装说明

目录 1 安装SFU (5) 1.1安装文件释放 (5) 1.2 安装过程 (6) 1.2.1 安装执行 (6) 1.2.2 填写用户信息 (6) 1.2.3 软件协议签订 (7) 1.2.4 安装方式选择 (7) 1.2.5 组件选择 (8) 1.2.6 安全设置 (8) 1.2.7 映射方式选择 (9) 1.2.8 映射文件选择 (9) 1.2.9 安装目录选择 (10) 1.2.10 安装过程 (10) 1.2.11 安装完成 (11) 1.3 配置过程 (11) 1.3.1 检查启动服务 (11) 1.3.2 Configuration配置 (11) 1.3.3 Maps配置 (12) 1.3.4 保存配置 (14) 1.4 安装完成 (15) 2配置SFU (15) 2.1设置SFU服务器共享目录 (15) 2.2设置windows访问权限 (16) 2.3创建座席录音子目录 (18) 2.3.1 检查子目录的windows权限 (19) 2.4设置rt-sc的nfs共享路径 (19) 2.5检查sfu服务器nfs共享是否生效 (20) 2.5.1 通过交换机来检查 (20) 2.5.2 通过vasp来检查 (21) 3 SFU服务器上安装JDK、TOMCAT (21) 3.1 安装JDK (21) 3.2 安装TOMCA T (21) 4安装ccmp (23) 4.1 SFU服务器上安装ccmp (23) 4.2 CCMP配置 (23) 4.3 配置数据库IP地址 (23) 4.4 配置录音路径 (23) 5 安装vasptools (24) 5.1 SFU服务器上安装vasptools (24) 5.2 V ASPTOOLS配置 (24) 5.3 系统管理配置 (25) 6安装PCMPlayer (25)

vasp编译

(1)准备 1. sudo apt-get install g++ sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install gcc-multilib sudo apt-get install libstdc++5 sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless sudo apt-get install ia32-libs sudo apt-get install lib32stdc++6 sudo apt-get install libc6-dev-i386 sudo apt-get install g++-multilib sudo apt-get install gfrotran 1 2 3 tar -2. xzvf xxx #xxx 指压缩包的名称 cd 解压后目录 ./install.sh ##########安装过程很简单,安装提示就行######## 安装完成后,修改环境变量 1 vi ~/.bashrc 在末尾添加 source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 (64位版本) source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32 (32位版本) 1 source ~/.bashrc 4. 编译mpi 首先下载mpich2的安装文件 1 2 3 4 5 6 tar mpich2压缩包 cd 文件夹 ./configure --prefix=安装目录 f77=ifort f90=ifort fc=ifort make make install vi ~/.bashrc 笔者安装目录在/opt/mpich2,也可以放在其他文件夹中,注意执行make install 用户需要有写入权限 在文件最后写入如下代码 1 2 3 4 #mpi2 start PATH=/usr/local/mpich2-1.2.1p1/bin:$PATH export PATH #mpi2 end 再source 一下 1 source ~/.bashrc 5.编译fftw

VASP5.3.5并行版详细安装教程

vasp5.3.5安装教程 制作者:甄江苏(湘潭大学材料科学与工程学院)1.安装Intel编译器: 。。。。。。。。 然后添加环境变量,在/etc/profile文件中最下面插入: source /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/bin/mklvars.sh intel64 然后在终端执行: [root]# source /etc/profile 这里提供的安装包会把其他的Intel的组件包括并行编译器也安装上,但是后面不用它的mpirun这个命令,而是用mpich的mpirun命令,所以进入/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/文件夹,把文件夹mpirt改名,让它的路径失效,比如改成mpirt11111。 此外,安装完后后,最好把licence文件放到安装目录里,Intel编译器指定的license 存放目录之一是/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/license/这个文件夹,这个文件夹要自己新建,然后把license文件拷贝进去即可,不然的话,对于共享此软件的其他节点来说,会找不到license。 然后进入/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/interfaces/fftw3xf/文件夹,执行:[root]# make libintel64 将会生成一个名为libfftw3xf_intel.a的静态库文件,用于后面vasp的链接。 2.安装openmpi:(openmpi总是出问题,无法多节点并行,原因不明,所以建 议用后面的mpich) 进入openmpi解压目录,执行: [root]# ./configure --prefix=/opt/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort [root]# make all install 然后添加环境变量,在/etc/profile中添加: export PATH=$PATH:/opt/openmpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib export MANPATH=$MANPATH:/opt/openmpi/share/man

VASP5.4编译过程说明

V ASP5.4编译 1.编译器安装:parallel_studio_xe_2011_sp1_update2_intel64.tgz 解压安装即可,./install.sh:安装中使用的激活码为L3FN-2VRGKX7K 安装完设置环境变量: For csh/tcsh: $ source install-dir/bin/compilervars.csh intel64 For bash: $ source install-dir/bin/compilervars.sh intel64 测试是否成功:which icc /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/intel64/icc which ifort /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/intel64/ifort 2.安装openmpi:openmpi-1.4.5.tar.gz 解压,然后输入./configure CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort 指定编译器之后依次执行make,make install 安装完成后,加入如下三个环境变量: export PATH=/usr/local/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/openmpi:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH 具体路径找自己的,其中少了第三个路径的话可以编译文件,但是运行编译后的文件会说找不到库函数。建议安装完成之后进入解压文件夹(不是安装目录)下的example文件夹中测试程序,输入make之后会自动编译,完成之后输入mpirun –np 8 hello_f90,如果安装正确,会出现: Hello, world, I am 0 of 8 Hello, world, I am 1 of 8 Hello, world, I am 2 of 8 Hello, world, I am 3 of 8 Hello, world, I am 4 of 8 Hello, world, I am 5 of 8 Hello, world, I am 6 of 8

VASP并行版本安装

VASP install (1) yum install gcc-c++ [aaa@localhost]yum install gcc-c++ ●gcc, g++ and gfortran is required by some packages. (2) intel C&fortran ipcc&ifort [aaa@localhost]tar zxvf parallel_studio_xe_2013_update2.tgz [aaa@localhost]cd parallel_studio_xe_2013_update2 [aaa@localhost]./install.sh Figure 1. (a) screen-shot during installing of intel fortran. Setting .bashrc enviroment Figure 1. (b) .bashrc environment setting for intel fortran. ●.bashrc setting: must add in .bashrc in either root or common users (3) Installing openmpi (3.1) [aaa@localhost] ./configure CC=icc CXX=g++ F77=ifort FC=ifort --prefix=/home/aaa/programs/openmpi (3.2) [aaa@localhost] make all (3.3) [aaa@localhost] make install Figure 2. bashrc environment setting for openmpi.

vasp.5.2编译过程

Vasp.5.2编译 ⒈正常安装ifort编辑器(如vasp.4.6安装过程) 修改环境变量 # .bashrc # User specific aliases and functions # Source global definitions if [ -f /etc/bashrc ]; then . /etc/bashrc #IFORT=/home/usr1/intel/ PATH="/home/usr1/intel/fce/9.0/bin":${PATH} PATH="/home/usr1/intel/idbe/9.0/bin":${PATH} export PATH MANPATH="/home/usr1/intel/fce/9.0/man":${MANPATH} MANPATH="/home/usr1/intel/idbe/9.0/man":${MANPATH} export MANPATH LD_LIBRARY_PATH="/home/usr1/intel/fce/9.0/lib":${LD_LIBRARY_PATH} export LD_LIBRARY_PATH # INTEL_LICENSE_FILE="/home/usr1/intel/licenses":$INTEL_LICENSE_FILE export INTEL_LICENSE_FILE # fi ⒉安装mkl ⑴过程如vasp.4.6的过程 ⑵编译mkl的FFTW函数库:进入到opt/intel/mkl/xxxx/interfaces/fftw3xf(默认安装)的路径,在root权限下在终端键入make libem64t compiler=intel。 加入环境变量

ubuntu 10 install vasp

ubuntu 10.04 install vasp 序列号VMH9-R8WGNLGW libstdc++ libstdc++5 glibc libgcc 一安装基本编译环境 sudo apt-get install build-essential sudo aptitude install build-essential sudo apt-get install rpm sudo apt-get install gawk 安装libstdc++5 对于64位系统要求安装32位的库这个时候我们在第一步加入 sudo apt-get install ia32-libs 详细过程https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-with-ubuntu/ 解压32位的libstdc++5 然后cp libstdc++.so.5.0.7 /usr/lib32 cd /usr/lib32 ln -s libstdc++.so.5.0.7 libstdc++.so.5 apt-get install openjdk-6-jre-headless 二. Intel? Fortran Compiler for Linux, 这里我使用的是10.1.018 版; 1. 解压安装(为了清理方便,解压后都在/tmp目录下) user@~$ tar -xvf l_fc_p_10.1.018.tar.gz -C /tmp/ user@~$ cd /tmp/l_fc_p_10.1.018/ 2. 运行安装脚本 user@/tmp/l_fc_p_10.1.018$ sudo ./install.sh sudo vi /etc/profile 在Unmask后面加上source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ifortvars.sh ia32 source /opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/tools/environment/mklvars32.sh 输入: 输入“wq” (保存并退出的意思) enter 设置环境变量

vasp常见问题

最近在学vasp,这篇文章是百度文库找到的,看了不错,转载一把。另外附上vasp程序,linux中下载后无须安装即可使用。单机中可能会出现内存溢出问题,可以放机群上使用。 01、第一原理计算的一些心得 (1)第一性原理其实是包括基于密度泛函的从头算和基于Hartree-Fock自洽计算的从头算,前者以电子密度作为基本变量(霍亨伯格-科洪定理),通过求解Kohn-Sham方程,迭代自洽得到体系的基态电子密度,然后求体系的基态性质;后者则通过自洽求解Hartree-Fock方程,获得体系的波函数,求基态性质;评述:K-S方程的计算水平达到了H-F 水平,同时还考虑了电子间的交换关联作用。 (2)关于DFT中密度泛函的Functional,其实是交换关联泛函,包括LDA,GGA,杂化泛函等等一般LDA为局域密度近似,在空间某点用均匀电子气密度作为交换关联泛函的唯一变量,多数为参数化的CA-PZ方案;GGA为广义梯度近似,不仅将电子密度作为交换关联泛函的变量,也考虑了密度的梯度为变量,包括PBE,PW,RPBE等方案,BL YP泛函也属于GGA;此外还有一些杂化泛函,B3L YP等。(3)关于赝势在处理计算体系中原子的电子态时,有两种方法,一种是考虑所有电子,叫做全电子法,比如WIEN2K中的FLAPW方法(线性缀加平面波);此外还有一种方法是只考虑价电子,而把芯电子和原子核构成离子实放在一起考虑,即赝势法。 一般赝势法是选取一个截断半径,截断半径以内,波函数变化较平滑,和真实的不同,截断半径以外则和真实情况相同,而且赝势法得到的能量本征值和全电子法应该相同。赝势包括模守恒和超软,模守恒较硬,一般需要较大的截断能,超软势则可以用较小的截断能即可。另外,模守恒势的散射特性和全电子相同,因此一般红外,拉曼等光谱的计算需要用模守恒势。 赝势的测试标准应是赝势与全电子法计算结果的匹配度,而不是赝势与实验结果的匹配度,因为和实验结果的匹配可能是偶然的。(4)关于收敛测试(a)Ecut,也就是截断能,一般情况下,总能相对于不同Ecut做计算,当Ecut增大时总能变化不明显了即可;然而,在需要考虑体系应力时,还需对应力进行收敛测试,而且应力相对于Ecut的收敛要比总能更为苛刻,也就是某个截断能下总能已经收敛了,但应力未必收敛。(b)K-point,即K网格,一般金属需要较大的K网格,采用超晶胞时可以选用相对较小的K网格,但实际上还是要经过测试。(5)关于磁性一般何时考虑自旋呢?举例子,例如BaTiO3中,Ba、Ti和O分别为+2,+4和-2价,离子全部为各个轨道满壳层的结构,就不必考虑自旋了;对于BaMnO3中,由于Mn+3价时d轨道还有电子,但未满,因此需考虑Mn的自旋,至于Ba和O则不必考虑。其实设定自旋就是给定一个原子磁矩的初始值,只在刚开始计算时作为初始值使用,具体的可参照磁性物理。(6)关于几何优化包括很多种了,比如晶格常数和原子位置同时优化,只优化原子位置,只优化晶格常数,还有晶格常数和原子位置分开优化等等。在PRL一篇文章中见到过只优化原子位置,晶格常数用实验值的例子(PRL 100, 186402 (2008));也见到过晶格常数先优化,之后固定晶格常数优化原子位置的情况;更多的情况则是Full geometry optimization。 一般情况下,也有不优化几何结构直接计算电子结构的,但是对于缺陷形成能的计算则往往要优化。(7)关于软件软件大致分为基于平面波的软件,如CASTEP、PWSCF 和ABINIT等等,计算量大概和体系原子数目的三次方相关;还有基于原子轨道线性组合的软件(LCAO),比如openmx,siesta,dmol等,计算量和体系原子数目相关,一般可模拟较多原子数目的体系。 V ASP是使用赝势和平面波基组,进行从头量子力学分子动力学计算的软件包,它基于CASTEP1989版开发。V AMP/V ASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似(用自由能作

vasp与lammps学习资料2020年

LAMMPS分子动力学模拟技术与应用课程内容 一、LAMMPS基础1分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义1.1系综理论 1.2主要算法介绍 1.3积分步长的选取 1.4温度和压力控制 1.5周期性边界条件 1.6分子动力学模拟流程 二、LAMMPS入门学习2LAMMPS入门操作基础 2.1Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令 2.2LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装 2.3LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法,针对自己体系编译可执行文件。 2.4LAMMPS的in文件结构格式、基本语法及常用命令讲解、data文件格式。2.5LAMMPS实例讲解。 实例操作:在linux系统编译安装自己的LAMMPS可执行程序。 三、LAMMPS进阶学习https://www.sodocs.net/doc/df11778178.html,MMPS各种参数计算 3.1颗粒模拟 3.2可视化快照 3.3弹性常数模拟 3.4计算热导率 3.5计算粘度 3.6计算均方位移 3.7计算径向分布函数 3.8计算扩散系数 3.9计算能量数据 3.10Lammps常见错误及解决途径 实例操作:学员结合自己的科研方向,选择运行契合自己研究方向的例子 四、Lammps的建模4LAMMPS建模——掌握基本操作流程 4.1掌握lattice命令建立晶体模型 4.2Packmol建模语法学习及实操 4.3Material Studio建模学习及实操 4.4VMD建模学习及实操 实例操作:把上述实操模型转换成lammps的data文件 五、从examples的简单例子,到完成自己的科研课题5通过examples中的例子,理解要模拟对象的物理意义 5.1运行examples\flow到建立水分子在石墨烯片层(碳纳米管)内的流动模拟5.2运行examples\shear到石墨烯力学性质模拟 5.3运行examples\friction到金属/合金的摩擦模拟 5.4特殊结构的模拟建模(C60系列模型) 实例操作:学员探索由简单例子到自己科研课题的模拟过程 六、环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模 (CVFF力场)6环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响模拟过程 6.1创建构型文件 6.2建立输入脚本 6.3运行能量最小化及体系的预松弛

vasp5.3安装方法

1. 采用Centos 6.4光盘安装系统。安装系统时,将有如下几个配置可供先择: (1) Desktop, (2) Minimal Desktop, (3)Minimal, (4) Basic Server, (5) Database Server, (6) Web Sever, (7) Virtual Host, (8) Software Development Workstation。任选一个选项即可。选择一个选项后,对系统进行配置。语言配置只选英语。除语言配置外,其余所有配置全部选上。选上所有其它配置之原因,是使系统文件更全面,以减少后续安装软件时由于软件依赖所带来的麻烦。 所有安装软件都在/home 目录下。安装目录可以任意,但在/home目录下容易管理。为使安装软件时拥有最大的系统操作权限,用root 身份安装。 2. 安装Python。版本为Python-2.5.2。在/home 下建Python文件夹,则安装命令如下:# tar –jxvf Python-2.5.2.tar.bz2 ’解压 # cd Python-2.5.2 ’进入解压后的文件目录 # ./configure ’配置文件,不要指定路径,直接覆盖 # make ’编译 # make install ’安装 检测是否安装成功:在任意目录下的命令行输入python,如果出现python的解析器,则表示已正确安装,如未出现,则未正确安装,需重新安装。 安装Python是为了系统能够识别后续将要安装的mpich 编译器。 3. GCC编译器采用Centos 6.4系统自带的即可,不用安装。对于Centos 6.4 系统,安装系统时,除语言配置外,如果选择了其余全部系统配置软件,并且第2步已正确安装Python 的话,安装完Python时,在命令行输入python以检验是否安装成功时,如果Python已安装成功,则可同时显示Python和与之本匹配的GCC版本信息。对于Centos 6.4系统内已预定安装的所有GCC版本中,与Python相匹配的版本为GCC 4.4.7 (Red Hat 4.4.7-3)。 如果在任意目录下的命令行输入rpm –qa | grep gcc,则可列出系统内所有已安装的GCC 的信息。预安装的GCC版本较多。 4. 安装MPI编译器。此步骤极为关键,即使已安装好MPI后,路径配置不正确的话,将会导致后续安装的V ASP不能正常运行。采用mpich-3.2.1版本。首先在/home下建一个mpich 的文件夹,将mpich-3.2.1.tar.gz放入mpich文件夹中。安装时,由于需要配置安装文件的路径,因此,安装后的软件不一事实上在mpich文件夹中,这由安装过程具体配置的路径确定。本安装的mpich文件配置路径为/home/mpichexe,则安装命令如下: # tar -zxvf mpich-3.2.1.tar.gz ’解压 # cd mpich-3.2.1 ’进入解压后的文件目录 # export F90=ifort FC=ifort ’引入环境变量 # ./configure --prefix=/ home/mpichexe / --enable-f90 --enable-f77 ’指定安装路径,并指定可使用mpif90及mpi77编译器红色的是解压目录 # make ’编译 # make install ’安装

vasp详细安装过程

王晶晶

第一步准备VASP相关安装包 ●intel fortran xe 2013 for linux(parallel_studio_xe_2013_update2.tgz及授权文件) ●openmpi-1.8.5.tar.gz ●fftw-3.3.4.tar.gz ●GotoBlas2-1.13.tar.gz ●Vasp5.3.5.tar.gz

第二步系统环境包安装 以ubuntu为例,下述软件自行安装 ●sudo apt-get install build-essential ●sudo apt-get install gcc-multilib ●sudo apt-get install libstdc++5 ●sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless

第三步安装inter fortran compiler 2013 1.默认解压所有安装包到用户目录cd ~/software 2.解压:tar –zxvf parallel_studio_xe_2013_update2.tgz 3.cd parallel_studio_xe_2013_update2/ 4.执行./install.sh,出现安装信息,根据以下几步操作 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 1、vi ~/.bashrc 在最后插入 source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/bin/mklvars.sh intel64 (如果是32位机,intel64替换为ia32) 2、source ~/.bashrc[验证:输入which ifort显示路径则为成功]

vasp.5.2安装 虫帖

Vasp.5.2安装 五一这两天闲着没事,摆弄了一下vasp5.2编译,经测试,并行编译获得成功,现把我的编译过程与大家分享。 1.安装linux系统,我现在用的系统是fedora 12。 2.配置并行环境 a.配置ssh环境 修改/etc/hosts文件 在127.0.0.1 local.......... 下面加入 127.0.0.1 node0!左边一串数字是机子的ip,右边是取的hostname,由于我是单机多核环境,所以ip地址都是一样的。 127.0.0.1 node2 可以通过ping hostname 或ssh hostname测试设置是否成功 b.实现无密码远程访问 打开一个终端 #ssh-keygen -d 回车 回车 在~/.ssh下生成id_dsa (存放私人密匙)和id_dsa_pub(存放公用密匙) #cp id_dsa_pub authorized_keys #ssh hostname(无需输入密码) 安装好后,可以庸ping命令和ssh查看node0,node1等等。

3.安装pgi10.0, 按照提示安装即可,只不过在安装过程中要选择mpich,选用ssh,这样就把mpich安装到默认目录/opt/pgi/linux86/2010 /mpi/mpich了,其中编译过程中要用到的数学库被安装到/opt/pgi/linux86/2010/mpi/mpich/lib中,比如并行编译中经常用到的libscalapack.a ,blacsF77init_MPI-LINUX-0.a,blacs_MPI-LINUX-0.a,blacsF77init_MPI-LINUX- 0.a等等。安装完毕后,配置环境变量。 如:gedit ~/.bashrc,在这个文件中加入如下内容: PGI=/opt/pgi; export PGI MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86/10.0/man export MANPATH LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat export LM_LICENSE_FILE PATH=$PGI/linux86/10.0/bin:$PATH source /opt/pgi/linux86/10.0/mpi.sh export PATH 其中,source /opt/pgi/linux86/10.0/mpi.sh配置mpi环境。 4. 编译vasp 5.2 a.编译程序自带的数学库。进入数学库所在的目录~/vasp.5.lib。在终端中敲如命令 cp makefile.linux_pgi_opt makefile make 我的makefile文件如下:

p4vasp安装

p4vasp安装手记 2007-08-25 14:41:59| 分类:computer | 标签:|字号大中小订阅 p4vasp的安装可以说是一个宏大的工程:p4vasp本身需要 python 、python-gtk 、fltk python和fltk好安装(fltk中要注意的问题后面再说),关键是python-gtk需要GTK,而且版本要足够高。可以说GTK的安装是整个安装的关键,下面详细道来: GTK要求V2.8(不使用p4vasp的某些功能)或者2.10以上(使用p4vasp的全部功能),我安装的是 gtk++2.10.14(系统中带的是2.4.7)。本来打算安装在自己的目录下,但是安装后pygtk找不到gtk++2.10.14的库,总让修改pkgconfig,这个问题涉及到库的搜索路径问题,需要修改PKG_CONFIG_PATH,具体做法是在/etc/ld.so.conf中加入新安装的库的路径,然后运行一下/sbin/ldconfig使所有的库文件都被缓存到ld.so.cache中。这就要用到root权限。既然这样,何不安装到系统,也可以方便后人的安装。最后决定安装在/usr/local/(为了不覆盖原有使用中的库)。 不知道什么原因,按上面的方法做后没有找不到库。我们就想了另一个方法,即库的信息(如路径、版本信息)是保存在/usr/lib/pkgconfig/目录下的*.pc文件中的。把/usr/local/lib/pkgconfig/下的pc文件copy到/usr/lib/pkgconfig/下,问题就解决了。这个问题不仅gtk存在,和gtk有关的glib,cairo,atk,pango都存在。都可以按上面的方法做。 下面说明fltk中的一些问题: 用普通方式安装fltk ./configure, make, make install 在安装gtk和p4vasp时都会提示fltk共享库有问题,并说需要fPIC选项,用下面方式安装 ./configure --enable-shared CFLAGS=-fPIC, make, make install 则问题得以解决。 上面为在centOS4.4 x86_64 kernel2.6.9-55.ELsmp上的安装,中间涉及到十多个包,且涉及到root权限,确实比较麻烦,所以如果不是非常必要,1. 建议把安装交给管理员或,2.直接安装rpm包或,3.安装windows 版. 在个人目录下的最新、最佳解决方案:只需在.bash_profile中加入export PKG_CONFIG_PATH=$PKG_CONFIG_PATH:/home/$LOGNAME/usr/lib/pkgconfig/ source .bash_profile 一切OK

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