SNP检测方法汇总

TaqMan SNP基因分型

技术方法:

此技术是由美国Life technologies公司研发的SNP分型技术,其技术原理如下简介。PCR 反应时,加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因(allele1和allele2),5’端为报告荧光基团(reporter),3’端为淬灭荧光基团(quencher)。PCR过程中,两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。当探针以完整形式存在时,由于能量共振转移,荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因杂合后,DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性,把报告荧光基团切割下来,脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用(quench),从而发出荧光。两个探针的5’端标有不同的荧光(FAM或VIC),3’端标有MGB 淬灭基团结合体。根据检测到的不同荧光,可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。

整个技术的示意图如下:

SNP检测方法汇总

应用领域:本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。尤其适合针对全基因组SNP 关联研究获得的初步阳性位点,以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。

RFLP (多重荧光)SNP分型技术

已知的很多SNP位点正好位于限制性内切酶的识别区域,针对这些SNP位点我们就可以使用此方法进行SNP分型。尤其是对于大样品量的多个SNP分型来说,此方法的优势较为明显。

技术方法:

RFLP技术于1980年由人类遗传学家Bostein提出。它是第一代DNA分子标记技术。Donis—Keller利用此技术于1987年构建成第一张人的遗传图谱。DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。RFLP是根据不同品种(个体)基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变,或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失,导致酶切片段大小发生了变化,通过电泳将其区分。现在我们用荧光标记其PCR引物,通过测序毛细管电泳来精确区分酶切片

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