SNP检测方法汇总

TaqMan SNP基因分型

技术方法：

此技术是由美国Life technologies公司研发的SNP分型技术，其技术原理如下简介。PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5’端为报告荧光基团（reporter），3’端为淬灭荧光基团(quencher)。PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用(quench)，从而发出荧光。两个探针的5’端标有不同的荧光(FAM或VIC)，3’端标有MGB 淬灭基团结合体。根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。

整个技术的示意图如下：

应用领域：本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。尤其适合针对全基因组SNP 关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。

RFLP (多重荧光)SNP分型技术

已知的很多SNP位点正好位于限制性内切酶的识别区域，针对这些SNP位点我们就可以使用此方法进行SNP分型。尤其是对于大样品量的多个SNP分型来说，此方法的优势较为明显。

技术方法：

RFLP技术于1980年由人类遗传学家Bostein提出。它是第一代DNA分子标记技术。Donis—Keller利用此技术于1987年构建成第一张人的遗传图谱。DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。RFLP是根据不同品种（个体）基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，通过电泳将其区分。现在我们用荧光标记其PCR引物，通过测序毛细管电泳来精确区分酶切片

段大小，精度可以达到1bp的差异。通过对同一个位点的PCR产物不同SIZE的引物设计，实现了多样本的多重酶切，大大降低了检测成本。

我们可以利用限制性内切酶的特殊属性来对一些SNP进行分型。有些SNP多态位点正好处于限制性内切酶的识别位点处，其中一种多态对应的PCR扩增片断能够被相应的内切酶切动，而另一种却不能，因此通过对酶切后的PCR产物电泳后的片断长度分析可知检测样本在该位点处的基因型。如果检测SNP位点不存在合适的酶切位点，往往可以通过在PCR引物3’端改变个别碱基引入限制性内切酶酶切位点，通过这种引物修饰法可以实现绝大多数SNP位点的分型都能用RFLP分析来实现。整个技术的示意图(以KpnI酶切位点SNP为例)如下：

现在我们通过荧光标记PCR引物中的一条引物，另一条引物设计在序列的不同位置实现了，多位点扩增，多样本一起酶切，酶切PCR产物通过跑测序毛细管电泳将其精确区分，大大降低其检测成本。

应用领域：

本方法涉及到很多需要对突变或者SNP多态进行分型的遗传研究领域。

高温连接酶检测反应技术

多个SNP位点（3-8个）的分型项目，样本量可以几百个到上千个

技术方法：

连接酶检测反应(ligase detection reaction，LDR)是利用高温连接酶实现对基因多态性位点的识别。高温连接酶一旦检测到DNA与互补的两条寡聚核苷酸接头对应处存在着基因点突变类型的碱基错配，则连接反应就不能进行。

如下左图：右边的探针与模板有一个碱基不配对，所以连接反应不能进行，没有连接产物；

左边的探针与模板DNA完全互补，故进行连接反应。通过温控循环该特异性连接反应可反复进行，达到线性扩增的效果。当检测到DNA与互补的两条寡聚核昔酸接头对应处存在着碱基错配，则连接反应就不能进行。在同时存在着荧光标记的探针时，由于前者与模板DNA 互补，故它与下游探针的连接反应得以进行，而后者则无法与下游探针连接。在连接反应结束后进行测序仪检测，检测到的结果即为G，从而可认定该SNP位点为G。LDR检测方法利用长度差异可以将多重LDR产物在ABI测序系统中进行检测，实现一次检测多个SNP位点。

应用领域：

本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。

Multiplex SNaPshot

针对性的解决多个SNP位点（8-16个）的基因分型项目，样本量灵活，从几百到上千个样品。

我公司利用由美国Life Technologies公司开发的SNaPshot技术，针对中等通量的SNP分型项目进行了技术上的改进大大提高了分型的通量和准确性。SNaPshot又称为小测序技术，是在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR 产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪跑胶后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。通过针对不同的SNP位点设计不同长度的延伸引物来做到多个SNP在一个反应体系中进行分型，目前我们已经可以做到15个位点同时分型通量。由于此方法为四色荧光标记，所以可以针对各种SNP类型进行分型，同时还可以对插入、缺失进行分析。

技术体系的示意图如下：

应用领域：

本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。尤其适合针对全基因组SNP关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。

改进的多重高温连接酶检测反应技术

该技术适合大样本（数百个以上）多位点（15-30个）的分型，能够提高SNP分型的通量，大大降低分型成本。

iMLDR?技术是基于传统的连接酶反应经过改进后的具有天昊自主知识产权的多重SNP分型技术，相比于传统的连接酶反应技术，iMLDR提高了准确性和分型的成功率，经过重复实验和双盲样本的初步验证，该技术的数据准确性超过98%，仅次于测序和SNaPshot。

分型原理：

应用领域：

本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。尤其适合针对全基因组SNP关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。

SNPscan高通量SNP分型技术

适合于针对中等通量到大通量SNP位点的分型项目，至少800个以上样本、48个以上的SNP位点；对绝大多数SNP位点都具有很好的分型效果。

技术方法：

SNPscan?是由上海天昊生物科技有限公司自主专利开发的多重SNP分型专利技术，能在一个检测流程中同时实现对48/96/144/192个SNP位点进行分型。该技术基本原理是采用连接酶连接反应的高特异性实现对SNP位点等位基因的识别，然后通过在连接探针末段引入不同长度的非特异序列以及通过连接酶加接反应获得位点对应的不同长度连接产物，利用标记荧光的通用引物对连接产物进行PCR扩增，通过荧光毛细管电泳对扩增产物进行电泳分离，最后通过对GeneMapper软件分析获取各个SNP位点的基因型。

应用领域：

本方法可涉及到多个需要SNP分型的遗传研究领域。适合对于大量候选生物通路或者候选

染色体区域的基因SNP分型，尤其适合针对全基因组SNP关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。

超高通量目的SNP分型技术-SNPseq

高效快速：每个反应可以实现数千个SNP位点分型检测，同时可将上千个样本标记混在一起检测，1台Illumina? Hiseq2500可以在3天之内完成800万个分型，而常规芯片只能单个或数个样本同时检测。

应用领域：

本方法适用于很多的遗传研究领域，例如疾病基因组研究、肿瘤基因组研究、临床分子诊断研究、植物动物基因组研究等，尤其适合大规模样品多基因复杂性状表型的相关基因的确定、肿瘤基因组体细胞突变研究等。

SNP介绍：

单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs），即指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，这就是SNP。由于SNP在人类基因组中数量较多，发生频率较高，因此被认为是继微卫星之后的新一代遗传学标记，在医学遗传学、药物遗传学、疾病遗传学、疾病诊断学、以及人类进化等研究领域都有着很高的研究价值和应用前景。

上海邃志生物科技在SNP位点分析和研究方面积累了丰富的经验，拥有开展SNP研究的先进仪器设备，具有自己独到的研究策略和方法，并且已经建立大样本量人群的SNP基础数据库，能通过这些资源的有效挖掘，更好地帮助客户开展SNP方面的研究工作，包括SNP 的功能学研究。

SNP检测技术介绍及比较：

质谱分析法（mass spectrometry）

该方法利用质谱分析对质量的灵敏度特别高的特点,很容易将仅含有一个不同碱基的两段基因序列区别开的特点,使用质谱直接或间接检测等位基因特异性延伸区的反应产物,推导出SNP。单碱基延伸或其修饰形式与基质辅助激光吸收/离子飞行时间(MALDI-TOF)质谱结合已被广泛的应用,并已被美国公司(Sequenom)发展为商业性产品。我公司提供的SNP检测技术服务，就是基于这样的方法。

DNA芯片技术（DNA chip）

将已知序列的寡核苷酸DNA排列在1块集成电路板上，将荧光标记的正常DNA和突变DNA 发别与2块DNA芯片杂交，由于至少存在1个碱基的差异，正常和突变的DNA将会得到不同的杂交图谱，经过共聚集显微镜检测两种DNA分子产生的荧光信号，确定是否存在突变。限制性片段长度多态性分析法(RFLP)

RFLP技术利用限制性核酸内切酶识别并剪切特定DNA序列的能力,检测基因片段上限制性核酸内切酶识别位点处是否存在核苷酸突变。应用限制性内切酶对两个等位基因识别的差异,产生不同大小的切割片段,通过电泳迁移率的不同来判定是否存在SNP。

实时荧光PCR分析法

使用针对核酸中不同多态性序列的荧光Taqman探针，它们在PCR扩增中被水解释放荧光信号，只有与靶序列完全匹配的探针才能被相应的切割。不同探针标记不同的荧光报道信号。利用多通道荧光PCR仪检测结果，可以便捷判断核酸多态性。

单链构象多态性分析法（SSCP）

在非变性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链DNA和RNA分子依其大碱基序列不同而形成不同构

象，一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。

DNA测序法（DNA sequencing）

双脱氧终止法，引物用四种不同前颜色的荧光标记，使每个样品的四个测序反应可在一个反应管和一个泳道内进行。

Affymetrix全基因组SNP芯片检测

A f f y m e t r i x全基因组S N P芯片检测 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP) 指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性是基因组上高密度的遗传标志，在人类基因组中已发现的SNP数量超过3000万。作为第三代遗传标记，SNP数量众多、分布密集、易于检测，因而是理想的基因分型目标。SNP分型检测在疾病基因组（如疾病易感性），药物基因组（药效、药物代谢差异和不良反应）和群体进化等研究中具有重大意义。在人研究方面，Affymetrix 公司有分别基于GeneChip和GeneTitan平台的SNP 6.0 芯片和针对中国人群设计的CHB1＆2 Array，既可用于全基因组SNP分析，又可用于CNV分析，极大地方便了中国人类疾病GWAS研究。Affymetrix公司针对多个农业物种也开发了多款商品化的基因分型芯片，如鸡、牛、水牛、鲑鱼、水稻、小麦、辣椒、草莓等，为农业育种研究、遗传图谱构建、群体基因组学研究提供研究手段。此外，Affymetrix公司还支持定制芯片，最低起订量为480个样品。 检测原理|?技术优势|?产品列表|?定制芯片|?数据分析| 基于GeneChip平台的人SNP 6.0 芯片实验流程： 基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片检测流程： 从SNP原理谈SNP分析技术之SNP芯片 日期：2012-05-21 ? ? 来源：网络 标签：?SNP原理?SNP分析?SNP芯片 摘要:?SNP是近年来基因突变的热点研究之一。它是指在单个的核苷酸上发生了变异，有四种不同的变异形式，而实际上只发生转换和颠换这两种。当科学家弄清了SNP的突变原理以后，他们就着手对SNP进行分析，以求找到疾病相对应的突变位点或者是进行个性化药物治疗研究。其中应用到的技术多达上百余种，其中包括有测序技术、质谱分析技术、HRM技术、Taqman技术以及SNP芯片技术。 恩必美生物新一轮2-5折生物试剂大促销！ Ibidi细胞灌流培养系统-模拟血管血液流动状态下的细胞培养系统 广州赛诚生物基因表达调控专题 SNP是近年来基因突变的热点研究之一。它是指在单个的核苷酸上发生了变异，有四种不同的变异形式，而实际上只发生转换和颠换这两种。当科学家弄清了SNP的突变原理以后，他们就着手对SNP进行分析，以求找到疾病相对应的突变位点或者是进行个性化药物治疗研究。其中应用到的技术多达上百余种，其中包括有测序技术、质谱分析技术、HRM 技术、Taqman技术以及SNP芯片技术。

snp检测方法汇总(1)

现在SNP的常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。 Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。 SNP检测方法汇总 分析SNP的方法有许多种，本文收集目前还在用的方法，按通量从高到低排列： 全基因组测序 这是最贵的方法，但也是看SNP最全的方法 大概一个人样本，花2万元 外显子组测序 外显子组测序，也可以得到较全面的SNP信息

大概一个人样本，花1.5万元 随着人全基因组测序的价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场 全基因组SNP芯片 原理，核酸杂交，荧光扫描 Illumina和Affymetrix都有很著名的全基因组SNP芯片，例如： Affymetrix: CytoScan，SNP 6.0， Illumina: 660，中华，450K等 SNP芯片，在2000~5000元每样本，还是比全基因组测序的2万元一个样本的价格要低质谱法

原理，精确测量PCR产物的分子量，就可以知道SNP位点上是A/C/G/T中的哪一个Sequenome MassArray法测中等通量的SNP位点是十分准确的 单个位点、单个样本的费用约2元人民币 无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规的PCR引物就可以做实验了 如果测几十个点，到上百个点，是很方便的方法 SNPseq法 此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点 原理：

用Goldgate法做出针对某些位点的多重PCR片段高通量测序，数据分析得到SNP位点结果SNPlex 中等偏高通量的方法，一次几十个位点 原理： 用末端特异的引物做多重PCR，把模板进行扩增基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色SNaPshot

SNP检测详细步骤

SNP检测(中文) Part I：样本基因组DNA的提取 1.取50 μl血样于离心管中，加PBS缓冲液至1.5mL，轻轻地摇匀。冷冻离心机6500 rpm离心10 min，去掉上清液，保留沉淀物。重复洗2次。 2.向保留沉淀物的离心管中加入DNA提取液500 μl，15 μl的蛋白酶K，混匀放入55℃水浴锅中消化过夜。 3.将消化过夜的反应液冷却至室温，加入等体积冰冷的饱和酚溶液，盖紧离心管盖，缓慢地来回颠倒10 min（在冰上进行），形成均匀的乳浊液。 4.冷冻离心机12000 rpm离心10min。 5.小心地吸取上层水相至新管，用等体积饱和酚再抽提一次。 6.用等体积的氯仿再抽提一次。 7.离心后再取上清液于另一离心管中，加入1∕10体积3mol/L的NaAc使终浓度达到0.3mol/L，并加2倍体积冷无水乙醇，上下倒置混匀，置-20℃冰箱沉淀30-60min。 8.冷冻离心机12000 rpm离心10 min，弃上清液。 9.加入500 μl 70%冷乙醇小心洗涤沉淀。冷冻离心机6500 rpm离心5 min，弃上清，用干净的吸水纸或用吸头将管壁残留的乙醇去除，干燥10～15 min，不要等沉淀完全干燥，否则难以溶解。 10.沉淀于100 μl超纯水中。 11.将提取的基因组DNA进行琼脂糖凝胶电泳及浓度的测定。 Part II：SNP分型检测 1.引物的设计与合成 (1)查阅文献，参考文献中的引物，直接合成； (2)根据SNP的位置找到其序列，设计引物并合成 2.PCR扩增片段 (1)PCR扩增体系： Components Volume (μl)

DNA template1 PrimeSTAR0.5 dNTPs (2.5 mM)1 Primer-F (10 μM)1 Primer-R (10 μM)1 5*PS buffer(Mg2+)10 ddH2O1 (2)PCR扩增程序： (3)将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测。 (4)A. 测序法：对目的条带进行切胶回收纯化测序，根据测序结果统计分析各个样本下该SNP的基因型。 B. 酶切法：一般这种方法都有文献支持，在前期可以确定好对应的内 切酶。根据内切酶的反应体系将PCR产物进行酶切，酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳检测。根据酶切条带来统计分析各个样本下该SNP的基因型。 Part II 标签SNP检测 1.引物的设计与合成 根据基因的序列设计扩增片段引物并合成。 2.PCR扩增片段 (1)PCR扩增体系： Components Volume (μl) DNA template1 PrimeSTAR0.5 dNTPs (2.5 mM)1 Primer-F (10 μM)1 Primer-R (10 μM)1 5*PS buffer(Mg2+)10 ddH2O1

SNP及检测技术

1定义：单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP 并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106个。依据排列组合原理,SNP 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热点。理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的。这种变异可能是转换（C T，在其互补链上则为G A），也可能是颠换（C A，G T，C G，A T）。转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有

SNP开发验证的研究方法和技术路线

1分子标记： 分子标记，我想这部分是我们分子标记组最核心的任务。现在，我们没有任何可用的标记检测我们的定位材料。即使想要验证已经定位的QTLs，我们也需要相对应的区间内的分子标记，尤其是SNP标记。 全基因组SNP—Affymetrix芯片： 一套完整的全基因组的SNP芯片，相对于Douglas体系，其操作简单，高通量。可以直接对定位群体进行初定位的扫描或是对育种材料的背景进行分析。在国家玉米改良中心，有一套3k的Illumina芯片，就是用来对玉米材料进行高通量检测，基因型检测结果通常可以用来QTLs初定位，育种材料的群体划分与纯度鉴定以及低密度的关联分析等。在此，我建议我们应该开发一套番茄基因型检测的芯片。 目前，只是查找到Illumina芯片有一套全基因SNP信息，包含7,720条探针。而Affymetrix公司目前并没有相应的产品。但是通过跟Affymetrix公司了解，可以利用Illumina芯片已有的结果进行开发。 番茄目前测序结果显示其全基因组大小为~760Mb，而玉米为~2,500Mb，但是他们包括的基因数目~30,000个，整体情况相近。另外，番茄作为自交植物，其LD 的衰减值应该更大，有效的历史重组会更少，遗传多样性低。因此，综合考虑，我建议我们可以开发~3k芯片，应该可以满足大多数研究材料、育种材料的基因型检测需求。虽然目前下一代测序技术蓬勃发展，但是对于用于基因型检测来讲，其数据分析与成本相对于芯片都要更复杂和更高。总之，我们番茄处于刚刚发展阶段，我认为就基因型检测方面，芯片有其很高的应用价值。即使像玉米，这样测序技术发展很多年的材料，芯片技术也在应用。 全基因组SNP—Douglas： 当用Affymetrix芯片检测鉴定完番茄基因型并完成基因型分析之后，1）对于优良的QTLs或是基因，我们可以直接选择覆盖整个区间的分子标记运行Douglas 系统进行分子标记辅助育种，2）对于需要进一步验证的QTLs，我们也而不需要再一次利用系统只检测材料覆盖定位区间的基因型，Douglas可以利用． ）对于一些高信息量，。3Affymetrix芯片或是其他方法进行全基因检测（图）一套可以用来构建番茄的指纹图谱。因此，均匀分布在全基因的SNP分子标记，SNP标记是必不可少的。完整能够与Affymetrix芯片相对应的 SNP标记分布图图 QTL区间上的注：蓝色为深入片段，棕色为背景染色体。SNP标记的开发Douglas系统下筛选具有一PCR反应体系，通过建立稳定、可靠的番茄DNA提取流程与优化致性、稳定性与多态性SNP分子标记引物，从而构建番茄全基因组SNP分子标记。全基因组的SNP分子标记，可以用于番茄QTL定位群体的检测，分子标记辅助育种的选择以及全基因组选择的群体基因型的检测。同时，从中挑选高质量，高信息量的分子标记用于构建一套完成的番茄指纹图谱，检测品种一致性。 供试材料： 22份材料的DNA用作特异性引物筛选，2份水作为NTC（None Template Control），共计24份模板作为SNP引物的初期筛选。以上实验在Q6仪器上进行。对于筛选获得的一致性引物，在利用94株番茄自交系与2份水作为模板，进一步在Douglas仪器上验证。 DNA提取：

Affymetrix 全基因组 SNP 芯片检测

Affymetrix 全基因组SNP 芯片检测 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP) 指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性是基因组上高密度的遗传标志，在人类基因组中已发现的SNP数量超过3000万。作为第三代遗传标记，SNP数量众多、分布密集、易于检测，因而是理想的基因分型目标。SNP分型检测在疾病基因组（如疾病易感性），药物基因组（药效、药物代谢差异和不良反应）和群体进化等研究中具有重大意义。在人研究方面，Affymetrix 公司有分别基于GeneChip和GeneTitan平台的SNP 6.0 芯片和针对中国人群设计的CHB1＆2 Array，既可用于全基因组SNP分析，又可用于CNV分析，极大地方便了中国人类疾病GWAS研究。Affymetrix公司针对多个农业物种也开发了多款商品化的基因分型芯片，如鸡、牛、水牛、鲑鱼、水稻、小麦、辣椒、草莓等，为农业育种研究、遗传图谱构建、群体基因组学研究提供研究手段。此外，Affymetrix公司还支持定制芯片，最低起订量为480个样品。 检测原理| 技术优势| 产品列表| 定制芯片| 数据分析| 基于GeneChip平台的人SNP 6.0 芯片实验流程： 基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片检测流程：

从SNP原理谈SNP分析技术之SNP芯片 日期：2012-05-21 来源：网络 标签：SNP原理SNP分析SNP芯片 摘要: SNP是近年来基因突变的热点研究之一。它是指在单个的核苷酸上发生了变异，有四种不同的变异形式，而实际上只发生转换和颠换这两种。当科学家弄清了SNP的突变原理以后，他们就着手对SNP进行分析，以求找到疾病相对应的突变位点或者是进行个性化药物治疗研究。其中应用到的技术多达上百余种，其中包括有测序技术、质谱分析技术、HRM技术、Taqman技术以及SNP芯片技术。 恩必美生物新一轮2-5折生物试剂大促销！ Ibidi细胞灌流培养系统-模拟血管血液流动状态下的细胞培养系统 广州赛诚生物基因表达调控专题 SNP是近年来基因突变的热点研究之一。它是指在单个的核苷酸上发生了变异，有四种不同的变异形式，而实际上只发生转换和颠换这两种。当科学家弄清了SNP的突变原理以后，他们就着手对SNP进行分析，以求找到疾病相对应的突变位点或者是进行个性化药物治疗研究。其中应用到的技术多达上百余种，其中包括有测序技术、质谱分析技术、HRM 技术、Taqman技术以及SNP芯片技术。 SNP 的分型技术可分为两个时代，一为凝胶时代，二为高通量时代。凝胶时代的主要技术和方法包括限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP)、寡核苷酸连接分析(OLA)、等位基因特异聚合酶链反应分析(AS2PCR)、单链构象多态性分析(SSCP)、变性梯度凝胶电泳分析(DGGE)，虽然这些技术与高通量时代的技术原理大致一样，但是由于它不能进行自动化，只能进行小规模的SNP分型测试，所以必然会被淘汰。高通量时代的SNP分型技术按其技术原理可分为:特异位点杂交(ASH)、特异位点引物延伸(ASPE)、单碱基延伸(SBCE)、特异位点切割(ASC)和特异位点连接(ASL)5 种方法。此外，采用特殊的质谱法和高效液相层析法也可以大规模、快速检出SNP 或进行SNP 的初筛。近年来已经在晶体上用“光刻法”实现原位合成，直接合成高密度的可控序列寡核苷酸，使DNA 芯片法显示出强大威力，对SNP 的检测可以自动化、批量化，并已在建立SNP 图谱方面投入实际应用。DNA 芯片法有望在片刻之间评价整个人类基因组。 2007 年5月份，Affymetrix公司发布了Genome-wide SNP 6.0 芯片，除包括90多万个用于单核苷酸多态性(SNP)检测探针外，还有90多万个用于拷贝数变化(CNV)检测的探针，可使全基因组平均分辨率达3 kb，既可用于全基因组SNP分析，又可用于CNV分析，真正实现了一种芯片两种用途，方便研究者挖掘基因组序列变异信息。通过基因分型信息还可以鉴别中性拷贝数的杂合性缺失(copy neutral LOH)、单亲二体病(UPD)及嵌合现象(可以精确检测到20% 嵌合体)。近来Affymetrix 公司又陆续发布了多款针对东亚、中国、

SNP开发验证的研究方法和技术路线

. SNP开发/验证的研究方法和技术路线 1分子标记： 分子标记，我想这部分是我们分子标记组最核心的任务。现在，我们没有任何可用的标记检测我们的定位材料。即使想要验证已经定位的QTLs，我们也需要相对应的区间内的分子标记，尤其是SNP标记。 1.1 全基因组SNP—Affymetrix芯片： 一套完整的全基因组的SNP芯片，相对于Douglas体系，其操作简单，高通量。可以直接对定位群体进行初定位的扫描或是对育种材料的背景进行分析。在国家玉米改良中心，有一套3k的Illumina芯片，就是用来对玉米材料进行高通量检测，基因型检测结果通常可以用来QTLs初定位，育种材料的群体划分与纯度鉴定以及低密度的关联分析等。在此，我建议我们应该开发一套番茄基因型检测的芯片。 目前，只是查找到Illumina芯片有一套全基因SNP信息，包含7,720条探针。而Affymetrix公司目前并没有相应的产品。但是通过跟Affymetrix公司了解，可以利用Illumina芯片已有的结果进行开发。 番茄目前测序结果显示其全基因组大小为~760Mb，而玉米为~2,500Mb，但是他们包括的基因数目~30,000个，整体情况相近。另外，番茄作为自交植物，其LD 的衰减值应该更大，有效的历史重组会更少，遗传多样性低。因此，综合考虑，我建议我们可以开发~3k芯片，应该可以满足大多数研究材料、育种材料的基因型检测需求。虽然目前下一代测序技术蓬勃发展，但是对于用于基因型检测来讲，其数据分析与成本相对于芯片都要更复杂和更高。总之，我们番茄处于刚刚发展阶段，我认为就基因型检测方面，芯片有其很高的应用价值。即使像玉米，这样测序技术发展很多年的材料，芯片技术也在应用。 1.2全基因组SNP—Douglas： 当用Affymetrix芯片检测鉴定完番茄基因型并完成基因型分析之后，1）对于优良的QTLs或是基因，我们可以直接选择覆盖整个区间的分子标记运行Douglas 系统进行分子标记辅助育种，2）对于需要进一步验证的QTLs，我们也. . 而不需要再一次利用系统只检测材料覆盖定位区间的基因型，可以利用Douglas 对于一些高信息量，）。3）Affymetrix芯片或是其他方法进行全基因检测（图1.1分子标记，可以用来构建番茄的指纹图谱。因此，一均匀分布在全基因的SNP Affymetrix芯片相对应的SNP标记是必不可少的。套完整能够与

SNP及检测技术

1定义： 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106个。依据排列组合原理,SNP 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热点。理论

SNP的检测方法(直接测序法与PCR-SSCP)

SNP的检测方法（直接测序法与PCR-SSCP） 人类基因组中存在着广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。SNP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，SNP的数量大、分布广，在组成人类基因组的30亿个碱基中，平均每1000个就有一个SNP。SNP作为第三代遗传标记，在复杂疾病的基因定位、关联分析、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发挥着愈来愈重要的作用。 1.直接测序法进行SNP分析 在所有SNP的检测方法中，对欲检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法。通常情况下，纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型，而杂合型SNP位点的测序峰为套峰，因而很容易将其区分开来。通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。 2. PCR-SSCP方法 单链构象多态性分析（single-strand conformation polymorphism，SSCP）是一种简单、高效地检测DNA或RNA序列中点突变的技术，由于实验成本较低，也是一种目前较为常用的方法。 检测原理： 单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同。因此，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开。 需要注意的问题：

A．PCR-SSCP只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步 测序。 B．由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。 C．经实验证明小于300bp的DNA片段中的单碱基突变，90%可被SSCP发现。

SNP检测方法汇总

现在SNP得常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但就是价格也非常得高，但就是对于少样本、超多位点还就是非常好得选择。 SNP检测方法汇总 分析SNP得方法有许多种，本文收集目前还在用得方法，按通量从高到低排列： 全基因组测序 这就是最贵得方法，但也就是瞧SNP最全得方法 大概一个人样本，花2万元 外显子组测序 外显子组测序，也可以得到较全面得SNP信息 大概一个人样本，花1、5万元 随着人全基因组测序得价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场 全基因组SNP芯片 原理，核酸杂交，荧光扫描 Illumina与Affymetrix都有很著名得全基因组SNP芯片，例如： Affymetrix: CytoScan，SNP 6、0， Illumina: 660，中华，450K等 SNP芯片，在2000~5000元每样本，还就是比全基因组测序得2万元一个样本得价格要低质谱法 原理，精确测量PCR产物得分子量，就可以知道SNP位点上就是A/C/G/T中得哪一个Sequenome MassArray法测中等通量得SNP位点就是十分准确得 单个位点、单个样本得费用约2元人民币 无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规得PCR引物就可以做实验了

如果测几十个点，到上百个点，就是很方便得方法 SNPseq法 此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点 原理： 用Goldgate法做出针对某些位点得多重PCR片段 高通量测序，数据分析得到SNP位点结果 SNPlex 中等偏高通量得方法，一次几十个位点 原理： 用末端特异得引物做多重PCR，把模板进行扩增 基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色 SNaPshot 中等通量得方法 设计3'位挨着目标位点得探针 用双脱氧得荧光标记ddNTP做一个碱基得延伸 毛细管电泳，瞧延伸得这个碱基就是什么颜色 Taqman法 Taqman原理，如果要找原理，请回复“荧光”两字 Taqman方法，一次一管测一个位点 通量最低，但就是结果可靠 原理： 设计与SNP位点互补得荧光探针，其中一个标VIC（红色荧光基团）,另一个标FAM（绿色荧光基团），同时分别有淬来基团吸光 Taq酶有5'-->3'得外切酶活性，如果探针粘有模板上，就被切碎 探针被切碎后，荧光基团与淬灭基团分离，发出荧光。瞧荧光颜色，就可以知道SNP位点上就是什么碱基

SNP对疾病检测的进展

SNP与疾病的关联研究 摘要：SNP作为一门新兴技术，一般而言,SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是300万个。 SNP成为第三代遗传标志,人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。大量存在的SNP位点，使人们有机会发现与各种疾病，包括肿瘤相关的基因组突变；从实验操作来看，通过SNP发现疾病相关基因突变要比通过家系来得容易；有些SNP并不直接导致疾病基因的表达，但由于它与某些疾病基因相邻，而成为重要的标记。SNP将提供一个强有力的工具，用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。SNP研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。 关键词：SNP 疾病脑出血冠心病 正文：激肽释放酶基因多态性与人群脑出血的关联研究 流行病学研究表明高血压患者尿液中激肽释放酶的活性与其血压水平呈负相关，提示KLK1基因可能在血压的调节中起到一定的作用；在人类疾病研究领域，有研究表明KLK1基因遗传变异与血管重构相关，同时发现了激肽释放酶基因启动子及编码区多态性与人类原发性高血压的发生有关。 KLK1基因位于染色体19q3.2-q13.4,全长包括5个外显子和4个内含子。其编码蛋白KLK1是一种丝氨酸蛋白酶，广泛分布在心血管系统。肾脏及中枢神经系统中，以旁分泌形式发挥其生物学作用。在心血管系统中，组织型激肽释放酶被分泌到细胞外，并迅速转化为活性激肽释放酶，作用于其底物激肽原释放缓激肽，缓激肽与受体结合后可调节一系列具有生物活性介质的释放，如一氧化氮，前列腺素和血小板活化因子等，从而会发扩张血管，调节血流等多种生物学效应，参与平滑肌收缩，细胞增殖，血管重构等多种生理和病理生理过程。 通过手机273例散发性脑出血患者和140名正常对照着的外周血标本。采用多重单碱基延伸SNP分型技术和DNA测序来检测KLK1基因rs5516及rs5517多态性位点在2组人群中的分布。结果发现：(1)脑出血组织型KLK1基因rs5516多态和等位基因频率分布差异无统计学意义（P>0.05）,脑出血组织型KLK1基因rs5517多态A 等位基因频率显著高于对照组（P<0.05）。（2）对照组rs5517多态AA及GA基因型携带者舒张压水平显著高于GC基因型携带者（P<0.05）；而rs5516位点各基因型亚组间血压水平差异无统计学意义（P>0.05），从而得出结论，组织型激肽释放酶基因rs5516多态性与脑出血无关，而组织型激肽释放酶基因rs5517多态性与脑出血存在关联，可能通过影响血压水平而参与脑出血发生发展。 SNP 用于冠心病相关基因的研究 许多研究结果表明血浆中脂蛋白的相对水平在动脉粥样硬化性心脏病发病机理的起重要作用，脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase, LPL)与肝脂酶(hepatic lipase, HL)对脂蛋白的代谢起重要作用，编码它们的基因成为重要的致动脉粥样硬化性心脏病的危险因素。 本研究通过对中国人群(95％为汉族)LPL、HL等基因SNPs的研究，揭示它们在中国人群

基于PCR和位点特异性引物延伸反应的SNP检测方法的建立

·530·检验医学2018年6月第33卷第6期 Laboratory Medicine ，June 2018，V ol. 33，No. 6 作者简介：单洪波，女，1979年生，硕士，主管技师，主要从事临床检验工作。基于PCR 和位点特异性引物延伸反应的SNP 检测方法的建立 单洪波1， 金亚南2 （1. 杭州艾迪康医学检验中心，浙江 杭州 310023； 2. 杭州优思达生物技术有限公司，浙江 杭州 310053） 摘要：目的 建立一种基于聚合酶链反应（PCR ）、位点特异性引物延伸反应（ASE ）和核酸试纸条检测 技术的单核苷酸多态性（SNP ）检测方法。方法 先通过PCR 对包含SNP 位点的特异基因序列进行扩增；然后通过带有A 标记的ASE 引物针对SNP 位点的不同基因类型进行特异性延伸；延伸后的产物可以与B 标记的探针进行杂交结合，形成同时携带A 和B 标记的杂交产物；而该杂交产物可以通过核酸试纸条进行目视化检测，从而完成对SNP 基因型的检测。结果 通过对10倍浓度梯度稀释的人类基因组DNA 进行检测，PCR-ASE 的检测敏感性为88 ng/反应；通过在同一条核酸试纸条上针对同一SNP 位点2种不同基因型的检测，达到了多重检测的目的；PCR-ASE 对19名志愿者的5个不同SNP 位点的检测结果与基因测序法完全一致。结论 PCR-ASE 是一种简单、准确的SNP 基因型检测方法。 关键词：引物特异性延伸反应；单核苷酸多态性；核酸试纸条检测技术 Establishment of PCR and ASE-based detection for SNP SHAN Hongbo 1，JIN Yanan 2. （1. Adicon Clinical Laboratories ，Hangzhou 310023，Zhejiang ，China ；2. Ustar Biotechnologies （Hangzhou ） Ltd.，Hangzhou 310053，Zhejiang ，China ） Abstract ：Objective To establish polymerase chain reaction （PCR ），allele-specific extension （ASE ） and nucleic acid detection strip-based detection for single nucleotide polymorphisms （SNP ）. Methods The specific gene sequence containing SNP sites was ampli?ed by PCR. For each SNP site ，ASE primers labeled with A were extended. The ASE reaction products can bind to probe labeled with B ，and hybridization products containing A and B simultaneously were formed. The products can be detected by disposable amplicon cross-contamination proof device containing a nucleic acid detection strip ，and the detection of SNP genotypes can be accomplished. Results Ten-fold serial dilutions of quanti?ed human genomic DNA were used to determine the sensitivity of PCR-ASE （88 ng/reaction ）. The ability of duplex PCR-ASE with the products can be detected by a single nucleic acid detection strip. A total of 19 samples representing 5 common SNP were detected by PCR-ASE ，and the results had the consistency of 100% with DNA sequencing. Conclusions PCR-ASE is simple and accurate detection for SNP. Key words ：Allele-specific extension ；Single nucleotide polymorphism ；Nucleic acid detection strip-based detection 文章编号：1673-8640（2018）06-0530-06 中图分类号：R446.1 文献标志码：A DOI ：10.3969/j.issn.1673-8640.2018.06.015单核苷酸多态性（s i n g l e n u c l e o t i d e polymorphism ，SNP ）是指在基因组水平上， 特定核苷酸位置上存在2种或2种以上不同的碱 基，且其中任何一种等位基因在群体中的频率 不<1%。SNP 是一种单碱基水平的分子遗传标 记，不仅可通过连锁或关联分析来定位疾病易 感基因，而且有些SNP 本身就可能会导致某些疾 病或引起个体对药物反应的差异[1]。同时，SNP 图谱的建立还能有效地帮助破解人类生理学密码，了解人类进化的起源以及对患者进行有效的治疗[2]。因此，SNP 检测对疾病的风险性评估、诊断、预防和治疗等各方面均有很大的价值。目前已报道了多种检测S N P 的方法用于基因检测和药物基因组学的研究[1]。引物特异性聚合酶链反应（allele-specific polymerase chain reaction ，AS-PCR ）是目前比较常见的

SNP检测方法

一大类是以单链构象多态性(SSCP) 、变性梯度凝胶电泳(DDGE) 、酶切扩增多态性序列(CAPS) 、等位基因特异性PCR (allele-specific PCR,AS-PCR)等为代表的以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法 另一大类是以直接测序DNA芯片变性、高效液相色谱(DHPLC)、质谱检测技术高分辨率溶解曲线(HRM)等为代表的高通量自动化程度较高的检测方法。 1.单链构象多态性(SSCP) 方法的原理是PCR扩增的DNA片段在变性剂条件下，通过高温处理使双链DNA扩增片段解旋并且维持单链状态，进一步进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。由于DNA单链的空间构象决定着其迁移率，相同长度的DNA单链，若某单个碱基存在差异，则形成迥然不同的空间构象，就会显示出带型的差异(多态型) 。优点：该方法简便灵敏快速成本低 缺点：PCR-SSCP适用于小的DNA片段，长度小于500 bp，如果DNA片段太长，DNA单链很难形成稳定发夹结构。但是该方法只能对突变进行较为粗略地检测，不能确定突变的具体位置和类型；而且对电泳条件的要求非常严格。 2.变性梯度凝胶电泳(DDGE) 在DNA序列中，4种碱基的组成和排列存在差异，致使不同序列的DNA双链有着不同的解旋温度当DNA分子在含浓度梯度变性剂的聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳时，由于解旋的状况与其序列高度相关，使得不同DNA片段形成相互分开的条带。 DGGE利用双链DNA分子在含有一定浓度梯度变性剂的凝胶中进行电泳时，由于存在突变的双链DNA分子和不存在突变的双链DNA分子在不同的部位解旋而区分即使只有一个碱基对的不同，两个双链DNA分子在不同的时间发生部分解旋，随之形成有差异的电泳条带。由于存在突变DNA片段和正常DNA 片段的Tm值有差异，从而发生迥然不同的解旋行为，TGGE通过设置温度梯度在聚丙烯酰胺凝胶电泳中分离DNA差异片段。 优点：DGGE能够检测长达1 kb的DNA片段，若SNP恰好出现在发生部分解旋的DNA区域内，其检出率可以高达100%，特别是100~500 bp长度的片段。 缺点：该方法也只能对突变进行较为粗略地检测，一般不能确定突变位置和类型。 3.酶切扩增多态性序列(CAPS) CAPS又称为PCR-RFLP CAPS是将PCR技术与RFLP技术相结合，利用DNA片段在酶切位点上碱基的变异，采用相应的限制性内切酶，对该DNA 片段的PCR扩增产物进行酶切，因而产生多态性。CAPS首先是对目标SNP所在的DNA片段设计特异性引物并对其进行扩增，然后用限制性内切酶对该DNA 片段的PCR扩增产物进行酶切，再通过凝胶电泳进行检测，形成分子标记。对于那些不能转化成为CAPS的SNP，可以将其转化为衍生酶切扩增多态性。 优点：如共显性、位点特异性高、操作较简单和成本较低等。 缺点：仅仅能够检测出位于酶切位点处的SNP，对位于酶切位点以外的SNP的检测则无法实现。

SNP开发验证的研究方法和技术路线

SNP开发/验证的研究方法和技术路线 1分子标记： 分子标记，我想这部分是我们分子标记组最核心的任务。现在，我们没有任何可用的标记检测我们的定位材料。即使想要验证已经定位的QTLs，我们也需要相对应的区间的分子标记，尤其是SNP标记。 1.1 全基因组SNP—Affymetrix芯片： 一套完整的全基因组的SNP芯片，相对于Douglas体系，其操作简单，高通量。可以直接对定位群体进行初定位的扫描或是对育种材料的背景进行分析。在国家玉米改良中心，有一套3k的Illumina芯片，就是用来对玉米材料进行高通量检测，基因型检测结果通常可以用来QTLs初定位，育种材料的群体划分与纯度鉴定以及低密度的关联分析等。在此，我建议我们应该开发一套番茄基因型检测的芯片。 目前，只是查找到Illumina芯片有一套全基因SNP信息，包含7,720条探针。而Affymetrix公司目前并没有相应的产品。但是通过跟Affymetrix公司了解，可以利用Illumina芯片已有的结果进行开发。 番茄目前测序结果显示其全基因组大小为~760Mb，而玉米为~2,500Mb，但是他们包括的基因数目~30,000个，整体情况相近。另外，番茄作为自交植物，其LD的衰减值应该更大，有效的历史重组会更少，遗传多样性低。因此，综合考虑，我建议我们可以开发~3k芯片，应该可以满足大多数研究材料、育种材料的基因型检测需求。虽然目前下一代测序技术蓬勃发展，但是对于用于基因型检测来讲，其数据分析与成本相对于芯片都要更复杂和更高。总之，我们番茄处于刚刚发展阶段，我认为就基因型检测方面，芯片有其很高的应用价值。即使像玉米，这样测序技术发展很多年的材料，芯片技术也在应用。 1.2全基因组SNP—Douglas： 当用Affymetrix芯片检测鉴定完番茄基因型并完成基因型分析之后，1）对于优良的QTLs或是基因，我们可以直接选择覆盖整个区间的分子标记运行Douglas系统进行分子标记辅助育种，2）对于需要进一步验证的QTLs，我们也

SNP检测方法汇总

TaqMan SNP基因分型 技术方法： 此技术是由美国Life technologies公司研发的SNP分型技术，其技术原理如下简介。PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5’端为报告荧光基团（reporter），3’端为淬灭荧光基团(quencher)。PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用(quench)，从而发出荧光。两个探针的5’端标有不同的荧光(FAM或VIC)，3’端标有MGB 淬灭基团结合体。根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。 整个技术的示意图如下： 应用领域：本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。尤其适合针对全基因组SNP 关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。 RFLP (多重荧光)SNP分型技术 已知的很多SNP位点正好位于限制性内切酶的识别区域，针对这些SNP位点我们就可以使用此方法进行SNP分型。尤其是对于大样品量的多个SNP分型来说，此方法的优势较为明显。 技术方法： RFLP技术于1980年由人类遗传学家Bostein提出。它是第一代DNA分子标记技术。Donis—Keller利用此技术于1987年构建成第一张人的遗传图谱。DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。RFLP是根据不同品种（个体）基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，通过电泳将其区分。现在我们用荧光标记其PCR引物，通过测序毛细管电泳来精确区分酶切片

SNP及检测技术

S N P及检测技术 -标准化文件发布号：（9456-EUATWK-MWUB-WUNN-INNUL-DDQTY-KII

1定义： 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤 ( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106个。依据排列组合原理,SNP 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热